5年来，农业综合开发共投入资金978亿元，其中农民自筹及其他资金投入322亿元，共改造中低产田1．28亿亩，新增和改善灌溉面积1．23亿亩，新增和改善除涝面积0．7亿亩，增加农田林网防护面积0．78亿亩。通过农业综合开发，建成了一大批高产、稳产、节水、高效基本农田。

1998--2002年，农业综合开发共建设优质小麦、水稻、大豆等优势农产品生产基地1095万亩，优质饲料作物基地300万亩，经济林、蔬菜、花卉、药材等种植业基地737万亩，发展水产养殖228万亩。农业综合开发还集中资金，加大对农业产业化经营的扶持力度，让农民在产业链条的延伸和拓展中增加效益。5年来，共投入26亿元财政资金发展农业产业化龙头项目，在所扶持的410个产业化龙头项目中，有57个被农业部、财政部等8部委联合命名为全国首批农业产业化重点龙头企业，新增农村就业人数1051万人。

从1999年开始，国家农业综合开发办公室安排专项资金，用于扶持科技示范项目建设，着力推动农业科技进步。截至2002年，共投入中央财政资金5．45亿元，地方财政配套和其他方面投入资金13．9亿元，先后扶持了农业科技示范项目131个。同时，5年来，农业综合开发共组织农民技术培训约1亿人次，培训合格劳动力1735万人，绝大多数成了农民致富的带头人。

促进农业可持续发展，强化农民增收的保障。农业综合开发充分发挥区域性、综合性优势，统筹规划生态环境建设，并实行跨省区、跨流域的项目管理，提高了生态环境治理的综合效益，促进了农业可持续发展。5年来，农业综合开发项目区林木覆盖率平均提高了1．62％。通过农业综合开发，项目区农业生态环境得到改善，农业可持续发展能力进一步提高，农民增收有了更加可靠的生态保障。