从目前各地农业结构调整的实际情况来看，当前各地农业结构调整中普遍存在着不同程度的错误认识和行为，这将不利于农业结构的调整和促进农业的更好发展以及农民的增收。

一、当前很大一部分地区非常狭隘地理解农业产业结构这个概念，而导致将农业结构调整的重心和着力点都放在了种植业内部的结构调整上，没有科学全面地认识“大农业”的内在涵义，因此从农、林、牧、渔或者说农、工、商贸等大农业的角度着眼的地区很少。不少地方只是简单地扩大上年或当前价格相对而言较高的农作物的种植面积，而对市场上的农产品供求状况和将来的发展态势研究很少或研究不够深入，在研究不够深入的情况下，得出的结论的有效性就非常值得怀疑，而农技、种子、科研、信息部门等各个部门也是部门分割，各自为战，在这样的情况下根本谈不上给广大的农民的农业生产以及时有效的专业指导和相关服务。这种简单地扩大价格相对较高的农作物种植面积的态势非常容易造成农产品的结构性供过于求，所以也就不能很好地从农业结构的全局上进行有效的结构调整，而导致农业结构调整的局部与全局不够协调，不可能达到农业结构调整的效益最大化的目的。最终只能导致农业产业结构调整以失败告终。

二、有较大发展潜力的农作物品种的种植区域安排不合理，使得很大一部分品质优良的农副产品难以实现优质优价。

虽然很多地区在农作物内部的种植结构调整中，各地都注意到了优质专用农副产品品种的推广，但是各地区之间事前缺乏必要和有效的沟通与协调，导致各个地区的优良农作物品种的种植地理位置分散，不能连片，农民一家一户的小规模分散生产，势单力薄，市场谈判地位低，力量分散，信息不灵，在交替出现的买难与卖难中，往往要承受农产品市场价格大幅波动和农产品市场运输过程中巨大的风险，因此也就形成不了规模效应，同时也增大了优质农产品的收购和运输难度，加之目前的农产品的流通渠道不畅通，因此导致优质农产品的销售渠道不畅通或者说不够高效，加大了运输成本和保鲜难度，所以优质农产品也不一定都能够实现优质优价。这实际上极大地削弱了优质农产品的市场竞争力，同时也就降低了农产品的收益。部分地区农民收入长期难以实现有效的增长也与此有关。