到二十世纪九十年代中期之前，“菜篮子工程”重点解决了市场供应短缺问题。“菜篮子”产品持续快速增长，根本上扭转了我国副食品供应长期短缺的局面。除奶类和水果外，其余“菜篮子”产品的人均占有量均已达到或超过世界人均水平。

从1995年起开始实施的新一轮“菜篮子工程”主要有四大特点：加大基地建设，向区域化、规模化、设施化和高档化发展；城乡协手共建“菜篮子工程”；提高科技含量，优化结构，增加花色品种。各地在生产中广泛采用良种提高产品的产量和质量；积极推进产供销、贸工农一体化经营。

1997年底，全国农副产品批发市场发展到约4000家。全国已初步形成了以中心批发市场为核心，连接生产基地和零售市场的稳定的“菜篮子”市场体系。

2001年4月，一项重在提高农产品质量和保证农产品消费安全的“无公害食品行动计划”由农业部组织实施。此外，随着国家经贸委等部门组织实施的“三绿工程”的顺利开展，全国“菜篮子”卫生质量安全检测体系进一步加强，筑起一道道食品安全防线，有效防止有害食品流入市场。