一是部分农户和商家信用观念淡薄。因为信用观念淡薄，法律意识不强，部分商家和农户只从眼前利益出发，为了多获利少受损，置农业订单的严肃性于不顾，贸然违约。

二是缺乏相应的政策法制环境。由于“订单农业”是近几年才兴起的一种新事物，所以在面对和处理订单违约了怎么办、订单违约所造成的直接经济损失应由谁来赔偿，农业订单是否应具有法律效力等等问题时，目前尚缺乏相应的政策和法律依据，进而导致有关方面对农业订单的履约难以实施严格监督。

三是缺少政府有关职能部门的参与和监督。目前在签订农业订单时，往往只是由商家与乡、村组织或农民一签了之，缺少司法、公证、工商管理等部门的参与和监督，从而导致订单合同出现内容不详细、程序不完善、运作不规范等问题，给履约埋下了诸多隐患。

四是基层政府动辄“越位”。一些县、乡政府在农业产业结构调整进程中，急于求成，把“订单量”与实际销售量、政绩划上等号，在没有深入调查研究，对市场供需把握不准的情况下，促使农户匆忙与商家签订订单合同。

五是农产品市场波动较大。由于农产品的丰歉存在着很大的不确定性，农产品市场波动远大于工业品，所以农业订单与工业订单在形式与内容的严格程序上，在履约的难易程序上存在着很大区别，从而使农业订单的履约难度相对较大，风险相对较高。特别是经营者在对外没有签订有效的农产品销售合同时，不宜以固定价格向农民订购。但目前，大部分订单农业都以固定价格签约，有的价格高出市场价格３０％以上，且没有上下浮动的余地，这就违背了市场经济规律。　　

六是缺乏农产品质量标准及检测检验体系。正是因为缺少这个体系，使一些农业订单的签订缺乏科学的依据和可行性；也正是因为缺少这样一个体系，使签单双方在对种子、农产品质量产生争议时，不能及时得到裁定，有关方面难以及时公正地处理和解决纠纷。