日本农业之所以缺乏竞争力，主要是由于效率太低造成的。日本国土狭窄，多数农户经营规模很小，平均每户农家仅有耕地１．６公顷，是美国的１２３分之１，欧盟的１２分之１。要提高农业效率就需要提高农户的经营规模，为此日本政府正着手制定各种政策。农林省正在考虑修改向所有水稻种植农户发放补助金的做法，从２００５年开始，部分补助金只发给达到规定规模的农户。这就促使土地较少的农户放弃自己的土地，土地逐渐集中，从而达到提高农业效率的目的。日本农林省正在研究把水稻种植补助金发放办法向其他农作物推广，一旦实现，其他作物种植农户也只有达到规定种植规模才能领到补助金。

为了提高农业的经营效率，日本政府鼓励企业投资农业。目前，在日本政府认定的农业特区内，企业可以租借农田经营。如果效果理想，这一做法有可能向日本全国推广。